Der Einsatz der Agro-Gentechnik kollidiert mit dem Naturschutz, insbesondere mit dem Schutz ökologisch sensibler Gebiete. Befürchtet werden zum einen Auskreuzungen in wildverwandte Arten (vertikaler Gentransfer), toxische Wirkungen auf so genannte Nichtzielorganismen und eine Überdauerung von Transgenen in der Umwelt (horizontaler Gentransfer).

Darüber hinaus werden langfristige großräumige Wirkungen erwartet, die nicht umkehrbare Veränderungen im Naturhaushalt und der biologischen Vielfalt mit sich bringen (Kaskadeneffekte in der Nahrungskette, Änderung der Artenzusammensetzung).