Die beiden großen Glaubensgemeinschaften der Evangelischen und Katholischen Kirche gehören in Deutschland zu den größten Grundbesitzern. Wie viel Land die Katholische Kirche im Detail besitzt und verpachtet, ist nicht bekannt; die Evangelische Kirche hingegen veröffentlicht Zahlenmaterial. Nach Auskunft der EKD besitzen die rund 16.000 eigenständigen evangelischen Kirchengemeinden etwa 325.000 Hektar Grund, der weit überwiegende Teil davon ist landwirtschaftliche Nutzfläche.
Gentechnikfreie Landnutzung
1996 sprach sich als erste die evangelische Synode der Kirchenprovinz Sachsen gegen den Anbau gentechnisch veränderten Saat- und Pflanzguts aus. Seit 1. Januar 1997 ist in allen Pachtverträgen, die innerhalb der Kirchenprovinz neu abgeschlossen wurden, ein zusätzlicher Passus enthalten. Danach ist es den Pächtern nicht erlaubt, gentechnisch verändertes Saat- und Pflanzgut auf der Pachtfläche auszubringen bzw. anzubauen. Seit dieser Entscheidung der Kirchenprovinz Sachsen haben immer mehr Kirchenleitungen und Synoden der Evangelischen Gliedkirchen ähnliche Beschlüsse gefasst.
Auch in der katholischen Kirche gibt es Diözesen, die sich für die Gentechnikfreiheit einsetzen. So fasste der Diözesenverband Münster am 25. April 2009 den Beschluss, sich entschieden dafür einzusetzen, dass in den kirchlichen Pachtverträgen des Bistums ein Anbauverbot von gentechnisch veränderten Pflanzen eingebracht wird.
Die Kirchen beziehen Position
Beide Kirchen haben sich in der Vergangenheit zur Thematik Agro-Gentechnik geäußert und unterschiedlich differenziert Position bezogen. In dem im März 2003 erschienen gemeinsamen Papier der Evangelischen Kirche in Deutschland und der Deutschen Bischofskonferenz "Neuorientierung für eine nachhaltige Landwirtschaft" heißt es unter anderem:
"Eine breite Umsetzung der großen Versprechungen (der Agro-Gentechnik, d.V.) ist bisher ausgeblieben. (...) Die Ambivalenz der Entwicklung liegt auf der Hand und nötigt zu einer grundsätzlichen Reflexion über die Leitwerte einer zukunftsfähigen Landwirtschaft und Agrarpolitik."
Position der Umweltbeauftragten der evangelischen und katholischen Kirche
Klarer positionieren sich im Oktober 2003 die Umweltbeauftragten der evangelischen und katholischen Kirchen. Sie verabschiedeten das ökumenische Positionspapier "Ungelöste Fragen – Uneingelöste Versprechen", in dem sie ihre Gründe für die Ablehnung der Agro-Gentechnik formulieren.
Im Mai 2005 verabschiedeten die Umweltbeauftragten beider Kirchen in St. Ulrich bei Freiburg ein Papier, in dem sie den Schutz des gentechnikfreien Anbaus und des sozialen Friedens auf dem Land fordern. Darin heißt es:
"[Wir] fordern die politisch Verantwortlichen dazu auf, bei den Beratungen über das Zweite Gesetz zur Neuordnung des Gentechnikrechts grundlegende Aspekte des Verbraucherschutzes zu erhalten."
Vom Anbau gentechnisch veränderter Pflanzen raten die Umweltbeauftragten ab. Auf ihre Initiative hin lassen bereits zahlreiche evangelische Landeskirchen und katholische Diözesen für ihre Pachtflächen das Ausbringen von gentechnisch verändertem Saatgut nicht zu.
Im März 2007 haben die Umweltbeauftragten der Kirchen erneut das Thema Agro-Gentechnik behandelt und schwere Kritik an den von Landwirtschaftsminister Seehofer veröffentlichten Eckpunkten zur Reform des Gentechnikgesetzes geübt. Die Umweltbeauftragten fordern in ihrem Beschluss die Politik auf, den Willen der Verbraucher*innen nach Gentechnikfreiheit zu respektieren. Sie erwarten vom Deutschen Bundestag, dass er das Gesetz verschärft und keine Aufweichungen bei Haftung und Transparenz zulässt.